v6.16からRen’pyのオートセーブはかなり動作が改善されました。
もうタイトル画面でセーブされることはありませんし、スクリーンショットにメニューが写ることもありません。たまにスリーンショットが表示されないバグも修正されました。選択肢とテキスト入力画面でも、メインメニューに戻るときでもオートセーブしてくれます。
なので殆ど改善する必要はありません。
但し、相変わらずゲーム終了時、メインメニューに戻る時のオートセーブのタイミングはプロンプト表示時です。これはオートセーブが別スレッドで行われているため、へタをするとオートセーブ完了前にゲームが終了してしまうためです。